Neptunia est publiée chaque trimestre depuis 1946. Elle "contribue au rayonnement du musée et à une meilleure connaissance du patrimoine et de l'histoire maritimes".

Les articles abordent tous les domaines maritimes, en particulier la culture matérielle, les arts, le patrimoine et l'histoire, de l'Antiquité à aujourd'hui. Elle s'adresse aussi aux modélistes, dans la grande tradition des modèles d'arsenal. Elle présente l'actualité et les nouvelles acquisitions du musée. Neptunia s'adresse aux amateurs, aux enseignants comme aux chercheurs.

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